野原新之助在河边玩耍时捡到一颗神秘弹珠，因外表闪亮带回家中，却被妹妹小葵吞入腹中。这颗弹珠实为古代魔人贾克的力量结晶，长期被珠由良族守护，而邪恶的珠黄泉族首领玉王试图夺取它以统治世界。随着弹珠在小葵体内产生异变，小新一家被迫与珠由良族战士联手，从东京赶往京都展开紧急救援。途中他们遭遇珠黄泉族忍者部队的追击，在温泉旅店、深山古寺等地点上演了一系列惊险又搞笑的攻防战。影片融合了家族亲情与奇幻冒险元素，通过小新天真烂漫的视角化解重重危机。最终在珠由良族帮助下，野原一家成功取出弹珠，并协助正义一方封印了魔人贾克的黑暗力量，再次维护了世界和平。