影片承接前作，黄飞鸿携十三姨、梁宽来到广州。白莲教徒在首领九宫真人带领下，以排外为名袭击洋人机构，甚至伤害无辜学童，其愚昧暴行令黄飞鸿深感愤慨。黄飞鸿结识革命志士陆皓东，得其启发，开始接触“启民智、救中国”的新思想。与此同时，清廷大臣纳兰元述奉旨南下，一方面镇压白莲教以维持秩序，另一方面更严厉追捕陆皓东等革命党人，维护朝廷统治。纳兰元述武功高强，立场复杂，与黄飞鸿产生数次激烈交锋。黄飞鸿身处守旧势力与革命浪潮之间，最终在保护陆皓东及其革命成果的关键一战中，与纳兰元述展开终极对决，谱写了一曲在国家危难之际“男儿当自强”的豪迈悲歌。