《危机边缘第三季》承接前作，将平行宇宙的冲突推向白热化。奥莉维亚在第二季末被平行世界的沃尔特绑架并替换，第三季开篇她被困于另一宇宙，被迫以“另一个自己”的身份生活，同时寻找回归原世界的方法。而在地球这边，冒牌奥莉维亚潜伏在Fringe部门内部，暗中为平行世界服务。本季核心围绕两个世界的全面对抗展开。平行世界的沃尔特为拯救濒临崩溃的宇宙，不惜发动跨维度战争，而原世界的沃尔特则背负着当年打开维度裂缝的罪责。彼得作为两个世界争夺的关键人物，既是沃尔特的“儿子”，也是平行世界沃尔特失去的“彼得”，他的选择将决定两个世界的命运。随着剧情推进，奥莉维亚历经折磨逃回原世界，却发现彼得已与冒牌奥莉维亚产生感情，三人关系陷入复杂纠葛。同时，边缘科学案件继续以更惊悚的方式呈现，从变形人、观察者到“第一人”的真相，逐步揭开整个Fringe神话的宏大版图。本季结尾，彼得启动末日机器，选择创造第三世界，抹去自己的存在，为后续故事埋下震撼伏笔。