影片《深夜书店3之灵魂伴侣》延续系列奇幻风格，聚焦传统书店在现代社会的生存困境。道士陆十一在接管书店后，不仅要应对电子阅读浪潮的冲击，还卷入与当地流氓刘铭的冲突。一次意外中，封印于《倩女幽魂》古籍中的书灵被释放，这个以吸食人类精气为生的存在开始危害人间。与此同时，刘铭在网络游戏中以姐姐的照片伪装身份进行网恋，这条看似无关的支线却逐渐与书灵事件产生诡异交织。陆十一在调查中发现，书灵的出现并非偶然，其力量与现代人精神世界的空虚有着隐秘联系。他必须运用道术智慧，在保护无辜者的同时，找出封印书灵的方法。影片通过书店这一特殊空间，探讨了传统文化与现代科技的碰撞、虚拟与现实情感的错位，以及人性欲望与灵魂救赎的主题。在光怪陆离的灵异事件背后，揭示的是当代人寻找精神归宿的深层渴望。